国务院台湾事务办公室是根据1988年9月9日第21次常务会议决定成立的国务院主管台湾事务的办事机构。  

1991年3月国务院机构改革决定，国务院台湾事务办公室与 中共中央台湾工作办公室一个机构两块牌子，列入 中共中央直属机构序列。

该办公室遵循党中央和国务院制定的方针、政策，负责管理、指导、协调国务院有关部门和省、市、自治区人民政府在经济、科技、教育文化等方面涉台事务；对各部门、各地区贯彻执行中央、国务院方针、政策的情况进行督促检查，组织制定涉台事务的有关政策和规定。