商丘站始建于民国2年(1913年),原名朱集站;于民国22年(1933年)更名为商丘站;于1984年原址重建;2015年10月北站房开工建设;2018年2月北广场投入运营。
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截至2018年1月,商丘站共设9台23线,南北两个站房总建筑面积21151平方米,其中南站房建筑面积5156平方米,北站房建筑面积15995平方米,设计承载量每小时发送旅客3000人次。
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截至2020年4月,商丘站南北站房无法互通,乘坐徐兰高速铁路、京港高速铁路旅客列车的乘客只能在北站房进站,乘坐普速列车的乘客只能在南站房进站。