1644年，吴三桂引清兵入关。1653年，由昭圣皇太后主婚，吴应熊与
和硕恪纯长公主成婚。由于
清廷对吴三桂存有戒心，因此通过政治婚姻，使吴应熊以额驸的身份留居京师，实为朝廷人质。1654年，授吴应熊三等子爵，顺治十四年加少保兼太子太保。1668年，晋少傅兼太子太傅。1673年十二月，吴三桂起兵反清的消息传至北京，吴应熊被捕入狱，
纳兰明珠建议将吴应熊和吴世琳处死。
康熙十三年（1674年）四月十三日，“吴应熊及其子吴世琳处绞，其余幼子俱免死入官”，但在被幽禁后于康熙二十年（1681年）云南平定后仍被一并处死。
吴应熊被绞死后，康熙皇帝经常下诏慰藉建宁公主，吴应熊“为叛寇所累”。
吴世璠即位吴周皇帝，追谥其为孝恭皇帝。
