学校始建于1948年,前身是中共中央西满分局创建的黑龙江省农业干部学校,1950年变更为黑龙江农业专科学校,1956年经国务院批准更名为北安农学院,开始本科教育。1958年4月,北安农学院与长春畜牧兽医大学、长春农学院筹备处等合并成立长春农学院,周恩来总理亲笔题写校名。1959年3月,长春农业机械化专科学校并入长春农学院,同年6月,更名为吉林农业大学。
截至2021年3月,学校占地1347公顷,其中校园面积312.66公顷,教学、科研基地1034.34公顷,总建筑面积44.48万平方米;设有19个学院、1个直属教学部门和1个研究生院,开设73个本科专业;拥有9个博士后科研流动站、9个博士学位授权一级学科、20个硕士学位授权一级学科、11个硕士专业学位授权类别、18个硕士专业学位授权领域,1个国家重点(培育)学科;有教职工1817人,全日制在校生19800人。