合肥综合性国家科学中心的建设主要依托 中国科学院合肥物质科学研究院和 中国科学技术大学，将聚焦能源、信息、生命、环境四大领域，解决重大科学问题、提升原始创新能力、催生变革性技术。预计中心将于2020年基本建成；2030年成为国际一流水平、面向国内外开放的 综合性国家科学中心，为我国科技长远发展和创新型国家建设提供有力支撑。

在合肥综合性国家科学中心，同步辐射、全超导托卡马克、稳态强磁场等大科学装置已经投入运行，并陆续取得重大突破。

未来还会有量子信息国家实验室、聚变工程实验堆、先进X射线自由电子激光装置、大气环境综合探测与实验模拟设施、超导质子医学加速器有更多的大科学装置等在合肥建成。