合肥工业大学仪器科学与光电工程学院的前身是1959年创建的精密机械仪器本科专业，之后经历了由机械一系、精密仪器系、仪器仪表学院到仪器科学与光电工程学院的变迁和由获批硕士点、博士点、一级学科、 博士后流动站、机械部重点学科、安徽省重点学科的学科发展过程，成为具有一定学科特色和较高学术水平的科学研究和人才培养基地。

学院拥有 仪器科学与技术一级学科博士授权点（四个二级学科博士点：精密仪器及机械、 测试计量技术及仪器、光电信息工程、生物医学仪器）和一级学科博士后流动站， 生物医学工程一级硕士授权点，设有 测控技术与仪器、 光电信息科学与工程、生物医学工程三个本科专业。其中 测控技术与仪器专业是 国家级特色专业。  

2018年12月10日，荣获首批全国党建工作标杆院系培育创建单位。