1949年7月,南邵各村属河北省通县专区昌平县。1953年7月,南邵各村全部划为昌平县一区,建立三合庄、何营、张各庄和南邵4小乡。1956年8月,小乡撤销,成立昌平县南邵乡。1958年8月,南邵乡改南邵工作站,属十三陵(大)人民公社。是年,南邵工作站改南邵管理区,属城关人民公社,1960年6月,南邵管理区改南邵大队。1961年7月,南邵人民公社成立。1982年4月,公社改乡。1997年11月,乡改镇。
截至2018年末,南邵镇有户籍人口21690人。
截至2020年6月,南邵镇下辖9个社区和16个行政村,
镇政府驻昌平区南邵镇南邵村。
2011年,南邵镇财政总收入2亿元,比上年增长27%。其中地方财政收入5800万元,比上年增长38%。从各主要税种看,完成营业税4900万元,增值税6000万元,企业所得税5000万元,个人所得税1500万元,分别比上年增长40%、27.6%、66.7%、66.7%。