南通市中级人民法院现占地面积23.5亩，内设办公室、政治部（组织人事处、宣传教育处）、督察处、机关党委、立案庭、刑一庭、刑二庭、民一庭、民二庭、民三庭（知产庭）、民四庭、民五庭、民六庭、行政庭、审监庭、执行局、执裁庭、研究室、审管办、鉴定处、行装处、法警支队、法庭指导办、科技信息处等24个部门，在编干警262名。辖区有海安市、如皋市、如东县、启东市、崇川区、通州区、海门区、开发区、通州湾等9个基层人民法院及其下属34个人民法庭。