南京海港枢纽经济区依托长江江海转运主枢纽港—— 南京港、 龙潭港，规划总面积300平方公里，南京海港枢纽经济区与 南京空港枢纽经济区、 南京高铁枢纽经济区是南京高起点规划建设的三大枢纽经济区，三大枢纽经济区与 江北新区、 东南科技创新示范带是南京发展空间战略的“一区一带三枢纽”。  

南京海港枢纽经济区建设区域性航运物流中心，构建“一带两核三区”的海港枢纽经济区。围绕长江航运物流发展带，建设龙潭海港枢纽经济区（155平方公里）和下关长江国际航运物流服务集聚区（6平方公里）两个核心区，以及江北（40平方公里）、七坝（46平方公里）、滨江（51平方公里）三个海港枢纽经济区。