南京大学医学院的前身为 中央大学医学院，创建于1935年，1949年后改名为南京大学医学院，1951年划归部队系统，1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部（原国家教委）第一所直属综合性大学长学制医学院，2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。医学院现任院长为张峻峰教授   。

据2019年12月学院官网显示，学院设 临床医学（八年制）、临床医学（ 5+3一体化）和口腔医学（五年制）三个专业。有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学 博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。  

南京大学医学院以南京鼓楼医院、东部战区医院（金陵医院）、南京口腔医院、泰康仙林鼓楼医院、盐城第一医院   、苏北人民医院   、南京大学医学院附属南京国际医院 ^[5]   、 阿克苏医院 ^[13]   作为附属医院，以南京市各专科医院作为教学医院，   并设有南京大学医学院苏州科技城临床学院 ^[6]   。