1952年，中央教育部召开全国农学院院长会议，做出调整全国高等农业院校的决定，会议上决定成立南京农学院，主要由金陵大学农学院、南京大学农学院和浙江大学农学院部分系科合并，其农学系为农学院前身；1971年，根据江苏省革委会意见，随南京农学院搬迁至扬州与苏北农学院合并成立江苏农学院设农学系；1979年，根据中央办公厅“关于南京农学院复校问题”的电报指示，随南京农学院迁回南京；1984年，学校更名，前身为南京农业大学农学系；2000年9月，根据学校教学机构调整要求，农学系更名组建农学院。
根据2020年3月学院官网显示，南京农业大学农学院设有4个本科专业；设有1个博士后流动站、8个博士专业、4个硕士专业；有教职工171名，其中中国工程院院士2名，国家杰出青年基金获得者4名，教授70名，副教授40名。
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