根据中共中央、国务院批准的北京市人民政府机构改革方案和《北京市人民政府关于机构设置的通知》（京政发〔2009〕2号），设立北京市农村工作委员会（简称市农委）。北京市农村工作委员会与中共北京市委农村工作委员会（简称市委农工委）合署办公。市委农工委是负责本市农村工作的市委派出机构。市农委是负责统筹协调本市农村发展和农村经济工作的市政府组成部门。

2018年，北京市机构改革中将市农村工作委员会、市农业局的职责，以及市发展和改革委员会的农业投资项目、市财政局的农业综合开发项目、市规划和国土资源管理委员会的农田整治项目、市水务局的农田水利建设项目等管理职责，市经济和信息化委员会的农药生产监督管理职责，市农村经济研究中心（市农村合作经济经营管理办公室）的农村合作经济经营管理职责等整合，组建市农业农村局，作为市政府组成部门。市委农村工作委员会与市农业农村局合署办公。