北京市人民政府口岸办公室根据中共中央、国务院批准的《北京市人民政府机构改革方案》和《北京市人民政府关于机构设置的通知》（京政发〔2003〕18号），组建北京市商务局（简称市商务局）。市商务局是主管本市内外贸易和对外经济合作的市政府组成部门。市商务局同时挂北京市人民政府口岸办公室（简称市政府口岸办）的牌子。

2018年10月，党中央、国务院正式批准北京市机构改革方案，确定了北京市深化机构改革“施工图”。北京市人民政府口岸办公室进入实质性落实和推进阶段。