准噶尔汗国（ 西里尔文：Зүүнгарын хаант улс； 藏文：ཇུན་གར།； 维吾尔语：جوڭغار），是 准噶尔部（卫拉特地区的一支）的首领 噶尔丹于1676年打败卫拉特盟主 鄂齐尔图汗之后，把松散的联盟体制步步改变为集权的政权体制后建立的君主制国家。噶尔丹通过把准噶尔首领的 台吉地位上升为 汗王地位，在1678年正式建立了一个汗国。因1635年卫拉特盟主 固始汗遣使归顺 后金，且1646年卫拉特各部首领联名归顺清朝，所以噶尔丹改变了卫拉特与清朝的主从关系，标志着卫拉特蒙古的重新独立。

1670年，准噶尔首领 巴图尔珲台吉的儿子 僧格被杀后，他的异母弟 噶尔丹夺得了准噶尔部的 台吉位（低于汗位）。

1676年 噶尔丹打败卫拉特盟主 鄂齐尔图汗，把松散的联盟步步改变为垄断权力的汗国。

1678年，噶尔丹出兵南疆，占领 叶尔羌汗国。1688年，噶尔丹突然率兵越过 杭爱山，大举进攻土谢图汗，迫使 喀尔喀蒙古诸部南迁。1690年6月，噶尔丹又向漠北 喀尔喀蒙古进攻，康熙帝组织左右两路大军亲征，噶尔丹溃逃。

噶尔丹败亡后，他的侄子 策妄阿拉布坦继任准噶尔部台吉，准噶尔部又逐渐强大起来，与清朝再次发生冲突。1716年，准噶尔部出兵 西藏，占领拉萨。1718年，清朝由 青海出兵入藏，全军覆没。1720年，清朝第二次出兵，赶走准噶尔军。

1755年， 乾隆帝趁准噶尔内乱之机出兵进占 伊犁、击溃 达瓦齐军。

1757年，清军平定 阿睦尔撒纳的叛乱，完全控制卫拉特区域，准噶尔汗国灭亡。