1644年，满清入主中原，定都北京。在东北统治上采取有别于中原地区“行省制”的“军府制”，以军府建制统治东北。1762年（乾隆二十七年），清朝政府设置伊犁将军（全称“总统伊犁等处将军”），委派明瑞担任第一任伊犁将军，将军府设在伊犁河北岸的惠远城（今霍城县境内）。