中华民国军务院，是 护国战争中西南 护国军在 广东组织的临时政府性质的机构。成立于1916年5月8日，1916年7月14日撤销。

由梁启超发起的，为护国运动中的反袁军政领导机关。1916年西南护国军反对袁世凯称帝，并于5月8日在广东肇庆组织军务院，代行国务院职权，为独立各省对内对外之机构。唐继尧、岑春煊为正副抚军长，梁启超任政务委员长。各独立省份督军、总司令为抚军，负责指挥各省军事。拥护黎元洪为总统，与洪宪政权对抗。袁世凯死后，南北达成妥协。7月14日，军务院用全体抚军名义宣告撤销。