五峙山列岛凭借其得天独厚的环境条件以及有利的地理位置，为各种生物的繁殖发育提供了良好的自然条件。在该地区共观察记录到湿地鸟42种，分属6目9科，其中留鸟6种，夏候鸟19种，冬候鸟17种，夏季的数量优势种为黑尾鸥和中白鹭，冬季的数量优势种为环颈(行鸟)、苍鹭和班嘴鸭。留鸟为麻雀白头鹎、黄郦及白（背鸟）（令鸟）。值得一提的是近几年来在五峙山列岛及附近发现了两种国家保护鸟类， 黄嘴白鹭和角（辟鸟）（虎鸟），这一发现大大提高了五峙山鸟岛的保护价值。