中国科学院武汉分院（Wuhan Branch . Chinese Academy of Sciences）是 中国科学院在武汉的 派出机构，主要职能是协助院进行所在地区研究所领导班子建设，在授权范围内代表中国科学院与地方开展合作，为所在地区研究所提供服务，承办院交办的有关事务。

中国科学院武汉分院筹建于1956年，1958年7月正式成立。1961年与广州分院合并成立中国科学院中南分院，武汉分院调整为中国科学院中南分院武汉办事处，1970年该办事处撤销。1978年，经国务院批准恢复中国科学院武汉分院建制。

据2020年7月研究所官网资料显示，武汉分院系统包括7个独立法人单位；有硕士学位授权点25个，博士学位授权点15个，博士后工作流动站6个；共有在职职工1819人，在学研究生1489人，其中博士生756人，硕士生733人   。