中国科学院微生物研究所（Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences）成立于1958年12月3日，由中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室合并而成。2007年，微生物所的大部分从中关村迁至朝阳区中国科学院奥运村生命科学园区   。

中国科学院微生物研究所主要从事微生物学基础和应用研究。研究所以微生物资源、微生物生物技术、病原微生物与免疫为主要研究领域，开展基础性、战略性、前瞻性研究   。

据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所正式职工514人（含项目聘用），其中正高级专业技术职务79人，副高级专业技术职务105人，中级专业技术职务221人，初级专业技术职务62人，有3个国家重点实验室，2个中国科学院重点实验室   。