学部主席团是院士大会闭会期间的常设领导机构。由 中国科学院院长、1位分管学部工作的院士副院长、5个学部主任和由院士大会选举产生的12名院士组成。由院长、1位院士副院长和5个学部主任组成执行委员会，院长为主席团执行主席。执行委员会设秘书长1人，受执行委员会委托，负责学部的日常工作。学部主席团聘请 中国工程院院长、 中国社会科学院院长、 中国科学技术协会主席、 国家自然科学基金委员会主任和若干政府部门的负责人为顾问。