中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所（中国科学院分子植物科学卓越创新中心）系由原中科院上海植物生理研究所与原中科院上海昆虫研究所于1999整合而成。

研究所瞄准植物、微生物和昆虫的重要生理过程及其相互作用的科学前沿，面向中国可持续农业、生态环境、生物能源及生物制造的重大战略需求，开展原创性、系统性的基础和应用基础研究。

据2018年7月植物生理生态研究所官网显示，研究所拥有1个国家重点实验室、1个国家研究中心、2个中国科学院重点实验室；共有在职职工470人，其中 中国科学院院士9人；拥有学术学位二级学科博士点3个、学术学位二级学科硕士点5个、工程硕士领域1个。