中国医学科学院（简称医科院）基础医学研究所（简称基础所）的前身为医科院的实验医学研究所（简称实研所）和基础医学组（1971年协和医大停办后于1973年建立）。 医科院是在原中央卫生研究院的基础上，于1956年8月创建的，1957年与始建于1917年的 北京协和医学院合并，成为我国唯一的国家级医学科学学术中心和综合性科学研究机构，是新中国成立后一项重大调整和建设。两院合并不久，1958年2月，即在原有的10个学系的基础上建立了首批五个研究所， 其中就包括实研所。