中国健康教育中心的前身“中国健康教育研究所”成立于1986年。2001年12月，更名为 中国疾病预防控制中心健康教育所。2008年9月更名为中国健康教育中心（卫生部新闻宣传中心），直属 卫生部管理；2013年3月，直属国家卫生计生委管理。

2019年9月4日， 国家体育总局体育科学研究所、中国健康教育中心、 中国医师协会联合向全社会发布“医护人员健身18法”。