万历三十九年考核京官，京师由东林党人主持，浙、齐、楚等首领多被罢黜；南京由浙党等主持，东林党人尽遭排斥。一个朝廷怎么会同时在两个地方考察官员呢？原来，这是由于明朝有一项独一无二的两京制度。两京分别为南京和京师即北京。要说各国都城的数量，明朝也不为多，它的独特之处在于两个都城各设一套中央机构，且多有相同之处，彼此独立，各不统署。两京制度的建立有着深刻的历史原因。