东南大学物理系起源于 三江师范学堂于1904年设立的格致科，先后更名为理化科、理化数学部、数学理化部等。1920年， 南京高等师范学校时期的数学理化部与国文史地部合并为文理科，下设物理系等8个系。1952年全国院系调整， 南京工学院设立物理教研组，物理系从此中断。直到1983年重建理化系，1988年成立物理系，2017年1月更名为物理学院。在物理学院发展的百余年历史长河中，涌现出了 吴健雄、 李国鼎、 严济慈等著名学者。