上海合作组织秘书处是 上海合作组织的主要常设执行机构。上海合作组织有两个 常设机构，分别是设在 北京的 秘书处和设在 塔什干的 地区反恐怖机构。秘书长和反恐怖机构执委会主任均由元首理事会任命，任期三年。2013年1月1日起，以上职务现分别由 德米特里·梅津采夫（俄罗斯籍）和 张新枫（中国籍）担任。