20世纪50年代末，上海市委作出了建立上海农学院（上海交通大学农业与生物学院前身）的决定，并于1959年成立上海农学院，校址设在松江县（现松江区）城北，这是上海市历史上的第一所由地方政府主办的高等农业院校；1960年被列为上海市属重点高校；1963年8月，上海农学院停办；1978年10月，上海农学院在上海县七宝（现属闵行区）恢复重建。1999年9月，上海农学院并入上海交通大学，成立上海交通大学农学院；2002年3月，更名为上海交通大学农业与生物学院；2007年7月起，学院主体由七宝校区转移至闵行校区；2009年5月，进入教育部、农业部合作共建全国八所涉农高校行列。
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截至2018年4月，学院有全日制本科专业4个，有博士后科研流动站2个、学术学位一级学科博士点6个、学术学位二级学科博士点5个、学术学位一级学科硕士点6个、学术学位二级学科硕士点14个、专业硕士学位授权类别3个；拥有上海市重点学科1个；3个学科进入ESI国际排名前1%行列；有教职工243人，本科生608人，研究生347人。
